تبدأ إجراءات التخليص الجمركي عند وصول البضائع إلى الموانئ أو المطارات في حاويات ومن ثم يبدأ تفريغها لفحصها من قبل موظفي الجمارك، ويقوم القائم بعمل شركة التخليص (الوسيط الجمركي ) بعمل إذن التسليم من خلال الوكيل الملاحي وبعد ذلك يقوم بتقديم نموذج بالبيان الملاحي وذلك بناء على فواتير البضائع المقدمة.
تبدأ السلطات الجمركية بإرسال الموظفين المتخصصين بأعمال الفحص الجمركي لتحديد الهوية الخاصة بالبضائع وتحديد قيمتها وتسعيرها ، وذلك تسهيلا لتحديد الضريبة الجمركية المفروضة علي البضائع ، وبعد تحديد هوية البضائع تواجه الشحنة موقفا من اثنين إما أن يت الموافقة عليها وتخرج الشحنة خروجا نهائيا ، وإما أن تحتاج الشحنة إلى موافقة جهات العرض المختصة ( ويتوقف ذلك على طبيعة ونوعية البضائع ) وفي هذه الحالة يتم إرسال عينة من الشحنة إلى جهات العرض لتصنيفها ، وبعد فحص البضائع وتصنيفها في النهاية إما أن تحصل الشحنة على الموافقة النهائية وإما أن تخرج الشحنة تحت نمط محدد من الجهات الرقابية وإما لا قدر الله يحدث رفض للشحنة ويتم حجزها ومصادرتها.
وبعد خروج الشحنة تعرض على جهات الكشف باجهزة الاشعة وفي نفس الوقت يقوم الوسيط الجمركي بدفع الضريبة الجمركية الخاصة بالبضائع بالاضافة الي مصاريف العرض على الجهات المختصة إذا وجدت ، ومن ثم يتم نقل البضائع إلى المخازن عن طريق الشركة أو العميل .
لهذا نجد أهمية التعاقد مع إحدى شركات التخليص الجمركي والتي تكمن في خبرتهم في حل المشكلات التي تواجه الإفراج الجمركي عن الشحنات لتقليل الوقت وتوفير الكثير من التكاليف.